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DNA螺旋串
成绩 | 0 | 开启时间 | 2013年02月21日 星期四 23:02 |
折扣 | 0.8 | 折扣时间 | 2013年02月28日 星期四 23:02 |
允许迟交 | 是 | 关闭时间 | 2013年02月28日 星期四 23:02 |
输入文件 | lcsdna.in | 输出文件 | lcsdna.out |
【问题描述】
在生物学应用中,经常要比较两个(或更多)不同有机体的DNA。一个DNA螺旋由一串被称为基的分子组成,可能的基包括腺嘌呤(adenine)、鸟嘌呤(guanine)、胞嘧啶(cytosine)和胸腺嘧啶(thymine)。分别以它们的首字母来代表这些基,一个DNA螺旋可以表示为在有穷集合{A,C,G,T}上的一个串。例如,一个有机体的DNA可能为s1=
ACCGGTCGAGTGCGCGGAAGCCGGCCGAA,而另一个有机体的DNA可能为S2=GTCGTTCGGAATGCCGTTGCTCTGTAAA.
将两个DNA螺旋作比较的一个目的就是要确定这两个螺旋有多么"相似",也就是关于这两个有机体的某些度量有多么接近。相似度可以而且已经用很多不同方式来定义。例如,我们可以说两个DNA螺旋相似,如果其中一个是另一个的子串。在我们的例子中,S1或S2都不是另一方的子串。或者,我们可以说两个螺旋相似,如果把其中一个转换成另一个所需改变的数量很小。另外一个度量螺旋S1和S2相似度的方式是找出第三个螺旋S3,在S3中的基也都出现在S1和S2中;而且这些基必须是以相同的顺序出现,但是不必要是连续的。能找到的S3越长,S1和S2就越相似。在我们的例子中,最长的螺旋S3是GTCGTCGGAAGCCGGCCGAA
【输入格式】
第一行:基因串1
第二行: 基因串2
【输出格式】
第一行:最长的基因串的长度
第二行:最长基因串
如果有多个,输出字典序最小的。
【输入样例】
输入文件名:lcsdna.in
ACCGGTCGAGTGCGCGGAAGCCGGCCGAA GTCGTTCGGAATGCCGTTGCTCTGTAAA
输出文件名:lcsdna.out
20 GTCGTCGGAAGCCGGCCGAA