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相似基因
成绩 | 0 | 开启时间 | 2013年02月21日 星期四 23:02 |
折扣 | 0.8 | 折扣时间 | 2013年02月28日 星期四 23:02 |
允许迟交 | 是 | 关闭时间 | 2013年02月28日 星期四 23:02 |
输入文件 | gene.in | 输出文件 | gene.out |
问题描述
大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了 4 种核苷酸,简记作 A,C,G,T 。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如 AGTGATG 和 GTTAG ,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基 - ,例如:
A |
G |
T |
G |
A |
T |
- |
G |
- |
G |
T |
- |
- |
T |
A |
G |
这样 , 两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:
那么相似度就是: (-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9 。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:
A |
G |
T |
G |
A |
T |
G |
- |
G |
T |
T |
A |
- |
G |
相似度为: (-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14 。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。
输入
共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含 A,C,G,T 四个字母。 1<= 序列的长度 <=100 。
输出
仅一行,即输入基因的相似度。
样例
gene.in
7 AGTGATG
5 GTTAG
gene.out
14